Как отметили создатели мультфильма в самом начале, они ряд видоизменили библейский сюжет, не нарушив при этом основ. Вероятно этим и объясняется несколько несостыковок в мультфильме. Более детальнее читайте в статье Исход.

Фильм открывается сценой, рисующей тяжёлую жизнь рабов - египетских евреев. Под ударами палок и хлыстов они трудятся, возводя храмы и устанавливая статуи. Дальше фильм показывает египетских солдат, которые отнимают у евреев младенцев с целью их последующего истребления. Молодая еврейская леди, дабы уберечь собственного трёхмесячного ребенка, кладёт его в корзину и пускает по реке. Корзину вылавливает царица, супруга фараона, и принимает решение оставить новорожденного себе.

Прошло 1,5 10-ка лет, и мы видим 2-х царевичей, Рамзеса и Моисея, проводящих время в развлечениях. Они катаются на колесницах ч/з египетские храмы, причиняя потери. Провинившимся юношам делает выговор фараон, однако впоследствии объявляет старшего принца Рамзеса собственным наследником. Моисей пускается в погоню за сбежавшей женщиной, которую подарили Рамзесу жрецы, и оказывается в трущобах рабов. Там он встречает Мириам и Аарона; леди признаёт его и заявляет, что он, Моисей, - также еврей. К тому же, он - её брат и обязан освободить еврейский народ от египетского рабства. Моисей не верует и возвращается во дворец. Хотя женщине удаётся посеять семена сомненья в его душе. Принц направляется в большой зал, где на стенах нарисована история Египта, и находит доказательство словам Мириам. Немало лет тому назад его отец на самом деле отдал приказ искоренить всех еврейских младенцев мужского пола.

В скором времени Моисей заступается за еврейского старика и убивает надсмотрщика. Ему приходится бежать. После долгих странствий он попадает к мадианитянам, где спасает сестёр Сепфоры от бандитов. Его тепло встречает их отец, Иофор, Высший жрец мадианитян. Моисей становится пастухом и мало-помалу завоёвывает уважение и глубокое чувство Сепфоры.

В скором времени Моисей берёт Сепфору в супруги и становится пастухом. Как-то раз 1 из его овец убежала, в её поисках Моисей проникает в пещеру, где видит горящий куст. Из пламени с ним заявляет Бог, Который велит ему возвращаться в Египет и потребовать, чтоб фараон отпустил евреев.

И тут, Моисей совместно с Сепфорой отправляется в Египет, где видит фараоном собственного брата Рамзеса. Моисей передаёт ему повеление Бога, на что Рамзес отвечает отказом. Моисей уходит. На улице евреи презирают его, т.к. фараон в отместку удвоил норму производимых рабами материалов. Родная сестра Моисея Мириам успокаивает брата и вдохновляет на новую попытку. Моисей следует к Нилу и видит фараона, плывущего на корабле. Моисей повторяет повеление Бога, Рамзес снова отказывает. Тогда Моисей погружает посох в реку, и вода в ней становится кровью. Фараон принимает это за очередной трюк и уплывает.

После Господь обрушивает на Египет нашествие жаб, саранчи, мор и огонь с небес. Однако лишь затем, как Господь насылает максимально ужасное наказание - смерть любого первенца (в частности и драгоценного сына фараона), Рамзес отпускает евреев совместно с Моисеем. Дальше следуют сцены непосредственного исхода счастливых евреев, уже не рабов, из Египта к Земле Обетованной. Тут же в первый раз звучит песня When You Believe (Когда ты веришь) в исполнении Салли Дворски и Мишель Пфайффер.

Беженцы подходят к Красному морю, когда их настигает египетская армия во главе с самим фараоном. Моисей поднимает жезл, и воды моря расходятся в стороны. Евреи идут по дну моря на другую сторону. Египтян задерживает пламенный столб, спустившийся с небес. Затем, как столб исчезает, армия бросается вслед. Однако едва евреи переходят на иной берег, воды смыкаются и топят египетские колесницы. Рамзеса выбрасывает на берег.

Мультфильм оканчивается сценой, в которой Моисей спускается с Синая, держа в руках скрижали с заповедями. В ходе завершающих титров ещё раз звучит песня When You Believe, уже в исполнении Уитни Хьюстон и Мэрайи Кэри.