Через чур привыкнувшие к комфорту Нью-Йоркского зоопарка животные - лев Алекс, зебра Марти, жираф Мелман и бегемотиха Глория - решают убежать с Мадагаскара, куда попали в I-ой части. Починив потерепевший крушение на острове самолёт, они улетают, прихватив с собою Короля Джулиана и Мориса (которые полетели с ними, чтоб захватить власть в Нью-Йорке). Однако горючее завершается уже по пути, и самолёт падает в Африке. При этом в ходе падения Мелман выбалтывается, что влюблён в Глорию (последняя не услышала его оттого, что спала). Там они решают побыть, пока пингвины не починят самолёт.

Однако вдруг ситуация изменяется: Алекс встречает собственных родителей, с которыми он был разлучён в детстве. Они признают его по родимому пятну на руке(которого не было в I фильме), и после сут. в прайде все четверо решают остепениться в Африке. Оказывается, что до этого Алекса звали Алакей и он любил танцевать ещё в прайде, что достаточно не нравилось его отцу Зубе. Его поймали охотники, однако ящик с ним вывалился и приплыл в Нью-Йорк, где его подобрали смотрители зоопарка. А в это время старый неприятель Зубы, Макунга, из-за которого Зуба и недоглядел за Алексом, решает применять Алекса, чтоб окончательно и бесповоротно избавиться от Зубы. Для этого он напоминает, что Алекс не прошёл ритуал вступления во взрослую жизнь - обряд инициации. Алекс неправильно понял смысл этого обряда (он думал, что это соревнование кто кого перетанцует) и Макунга подкалывает его сразиться с наиболее сильным львом прайда - ТИЦЕ. Алекс проигрывает и Зуба, чтоб не изгонять сына самому, отказывается быть вожаком далее. В результате Алекс решает спасти отца от позора, а заодно поправить репутацию себе.

В это же время Мелман устраивается в прайд врачом и сразу же становится популярным. Однако при этом он испытывает неудачи на любовном фронте: он влюблён в Глорию, однако она влюбилась в крутого Бегемота по имени Мото-Мото, которого волнует лишь он сам и его авторитет. А Марти обнаруживает, что он ничем не отличается от иных зебр - ни видом, ни привычками. Также, его несчастье усугубил тот факт, что и зрители, и Алекс спутали с ним другую зебру. Когда в прайде исчезает вода, Джулиан уговаривает всех принести кого-нибудь в жертву, думая, что это был гнев богов (впрочем в действительности, это была плотина, построенная местными туристами). Мелман до этого из-за ошибки коллег-жирафов начинает считать себя при смерти, а поэтому вызывается, успев раскаяться Глории в любви, однако она его спасает. Алекс находит разозлившегося на него Марти, мирится с ним и отправляется разрушать плотину. Туристы ловят Алекса, а Марти отправляется к пингвинам, которые к тому времени доделали самолёт руками местных шимпанзе.

Макунга приходит к Зубе и докладывает ему о поступке Алекса, надеясь, что Зуба умрет в битве с окружающими. Однако Алекс останавливает туристов, станцевав собственный танец из зоопарка, и они его узнают. Шокированный их радостью Зуба пританцовывает сыну, и они наконец мирятся. Однако боевая бабуля Нана из I-ой части, которая и заставила туристов сделать плотину, намеревается съесть львов, а посему нацеливает на них ружье. Хотя Марти и пингвины успевают их забрать, заодно разрушив плотину. Макунга лишается статуса вожака, когда Нана избивает его, увидев у него на плече собственную сумку, которую ему специально дал Алекс. Лидер пингвинов, Шкипер, женится на кукле-танцовщице и улетает на самолёте в медовый мес.. Четвёрка героев решает задержаться в Африке. Тоже становится известно, что Алекс узнал Марти по следу от укуса на попе.